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自體脂肪移植在現代醫學的應用越來越廣，不單只是醫學美容的應用，在傷口照護、疤痕改善、關節炎改善、放射線治療後循環改善等都扮演部分的角色。但是在自體脂肪移植的領域仍然有一些疑問仍待更大規模的研究來解答，包括：

獲得脂肪的方式

  如何能獲得最高純度的脂肪？或最高純度的脂肪幹細胞？各種不同的抽脂肪式，包括傳統抽脂、動力輔助抽脂、超音波、水刀、雷射輔助抽脂，哪一種最有利？抽取脂肪時的負壓定在哪個範圍較好？注射的腫脹液tumescent配方何種最有利？這些都還沒有定論。

純化脂肪的方式

  脂肪抽取出來之後，會混雜有先前注射的腫脹液、體液、血液，要怎麼純化脂肪最好呢？是完全不純化、靜置（靠不同成分有不同的比重）、使用Telfa紗布簡單過濾、離心、轉接管、或附有半透膜的過濾袋？目前有部分的論文探討這點，但是獲得更純的脂肪是否能帶來更好的手術結果並沒有定論，是純脂肪較好，還是帶有部分生長激素較好、還是刻意的加入固定或變動比例的生長激素較好？目前還沒有定論。

植入脂肪的方式

  靠手指的感覺手動操作植入較好，或是靠機器的幫助植入較好？使用尖針或使用鈍針哪個較好？每單位體積植入的最佳脂肪量是多少？目前還沒有定論。

接受脂肪部位的準備

  是否預先使用負壓系統將接受脂肪的部位先抽吸一陣子較好？如果是，要多少的負壓、抽吸多久的時間、連續抽吸的時間、間隔多久比較好？在植入脂肪之前是否還有什麼可以先做的？先打隧道？目前還沒有定論。  

幹細胞

  如果能從周邊脂肪組織獲得具有轉化功能的幹細胞，要怎麼做？加入特定的配方是否較好？配方的比例是多少？配方與獲得脂肪的比例是多少？如果能成功提高獲得幹細胞的比例，是否有其他變化的可能？目前還沒有定論。

這些是在2017年底，仍然需要更多研究證實；熱心於自體脂肪移植的醫師、科學家們都關心的問題。